Dipende da quale pacchetti hai scaricato..inoltre postresti essere piu preciso sulla schermata che ti compare?
E probabile che sia solamente l'UAC di vista che avvisa ogni qualvolta si sta per aprire/installare un applicazione..

Ho notato che sul sito di Jdownloader ci sono diversi Pack, visto che sono disponibili quelli No-Install prendi quelli, così non installi niente sul pc, il programma ti funziona lo stesso.

Download: Download [JDownloader]

Per qualsiasi problema ti rimando alla Guida di JDownloader